Projekt Vloga in pomen cerkvenih bratovščin v likovni umetnosti novega veka na Slovenskem Trajanje projekta: 1. avgust 2013–31. julij 2017 Vodja projekta: Dr. Ana Lavrič Šifra: J6-5563 (B)
Projekt Likovna umetnost v prostoru mesta Maribor Trajanje projekta: 1. julij 2011–31. december 2015 Vodja projekta: Izr. prof. dr. Barbara Murovec Šifra: L6-4315 (C)
Projekt Naravna in kulturna dediščina Trajanje projekta: 1. januar 2015–31. december 2021 Vodja projekta: dr. Jerneja Fridl Šifra: I0-0031
Program Naravna in kulturna dediščina Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: mag. Jerneja Fridl Šifra: IO-0031
Projekt WALKofPEACE: Trajnostni razvoj dediščine prve svetovne vojne med Alpami in Jadranom Trajanje projekta: 1. november 2018–30. junij 2022
Projekt Begunci - nikoli dokončana zgodba Trajanje projekta: 1. maj 2017–30. april 2020 Šifra: J6-8249
Projekt Srednjeveški samostani in njihovi ustanovniki: politična ikonografija Andeških in Babenberžanov na primeru ustanovitve in umetnostne podobe kartuzije Jurklošter Trajanje projekta: 1. maj 2010–30. april 2012 Vodja projekta: Doc. dr. Mija Oter Gorenčič Šifra: Z6-3674 (B)
Projekt Samostani - povezovalci evropskega umetnostnega prostora Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Šifra: J6-2140 (C)
Projekt Ljubljanski barok - materialna kultura in duhovni kontekst Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Vodja projekta: Doc. dr. Ana Lavrič Šifra: L6-2143 (C)
Projekt Plemeniti meceni. Vloga in pomen aristokratskih naročnikov v sakralni umetnosti slovenskih dežel od 16. do 19. stoletja Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2010 Vodja projekta: dr. Blaž Resman