Vanja Kočevar je raziskovalec na Zgodovinskem inštitutu Milka Kosa. Doktoriral je s področja zgodovine na Filozofski fakulteti Univerze v Ljubljani in se dodatno izpopolnjeval na univerzah v Tübingenu, Gradcu in na Dunaju. Ukvarja se s politično zgodovino slovenskega etničnega prostora v zgodnjem novem veku s poudarkom na vojvodini Kranjski ter preučevanjem simbolne komunikacije in političnih ritualov na primeru kranjskih deželnih zborov in dednih poklonitev. Posveča se tudi raziskovanju političnih vidikov protireformacije in katoliške obnove na prelomu 16. in 17. stoletja, razvoju kolektivnih identitet na Slovenskem pred pojavom narodnih gibanj ter zgodovini epidemij v zgodnjem novem veku.
Glavni raziskovalni področji Vanje Kočevarja sta politična zgodovina vojvodine Kranjske in oblikovanje kolektivnih identitet na Slovenskem pred pojavom narodnih gibanj. Svoje raziskave kranjske politične zgodovine osredotoča na čas vladanja nadvojvode in cesarja Ferdinanda II. v poznem 16. in zgodnjem 17. stoletju. Ker je obravnavano obdobje zaznamoval oster političen konflikt z verskim predznakom med katoliškim vladarjem na eni strani ter pretežno protestantskim plemstvom na drugi, se v svojih raziskavah posveča tudi vprašanjem protireformacije in katoliške obnove. Omenjenim temam je posvetil svojo doktorsko disertacijo ter več razprav in kritičnih objav primarnih virov.
Kranjske politične zgodovine se loteva tudi s preučevanjem simbolne komunikacije in političnih ritualov na primeru deželnih zborov in dednih poklonitev. S tega področja je objavil več razprav in do sedaj rekonstruiral dedne poklonitve v letih 1597, 1631 in 1728.
V okviru preučevanja kolektivnih identitet se posveča zlasti vprašanju slovenske etnične skupnosti pred pojavom narodnega gibanja in na tem področju v slovensko zgodovinopisje vnaša nove teoretske in metodološke pristope, ki se osredotočajo tako na preučevanje samoopredelitev kot t. i. objektivnih kriterijev. Na to temo je objavil več razprav, uredil obsežno znanstveno monografijo in vodi temeljni raziskovalni projekt.
Objavil je tudi dve razpravi s področja zgodovine epidemij v zgodnjem novem veku.
- Kolektivne identitete skozi prizmo zgodovine dolgega trajanja. Slovenski pogledi, Vanja Kočevar, 2022.
- Generalni mandat cesarja Ferdinanda II. o verskih razmerah na Kranjskem iz leta 1631: (ne)prilagoditev kranjskih elit na protireformacijo in katoliško prenovo, Vanja Kočevar, 2022.
- Ljubljana kot prizorišče dedne poklonitve cesarju Karlu VI. leta 1728: raba javnih prostorov za vladarsko inscenacijo na primeru kranjske prestolnice, Vanja Kočevar, 2022.
- Patent cesarja Ferdinanda II. o spreobrnjenju ali izselitvi protestantskega plemstva notranjeavstrijskih dežel iz leta 1628: kritična objava in prevod, Vanja Kočevar, 2020.
- Vloga reformacije v slovenski etnogenezi: etnična kolektivna identiteta na premici zgodovine dolgega trajanja, Vanja Kočevar, 2021.
- Kolektivne identitete in stanovska družba med Srednjo in Jugovzhodno Evropo od iznajdbe tiska do pojava narodnih gibanj (01. januar 2025 - 31. december 2027)
- Materialna kultura plemstva na Slovenskem v poznem srednjem in zgodnjem novem veku (01. oktober 2023 - 30. september 2026)
- Epidemije in zdravstvo v interakciji. Epidemije kot javnozdravstveni problem v slovenskem prostoru od epidemij kuge do 20. stoletja (temeljni raziskovalni projekt • 01. oktober 2021 - 30. september 2025)
- Podiplomska šola ZRC SAZU, predmetno področje: kulturna zgodovina.
- Priznanje Filozofske fakultete Univerze v Ljubljani za najboljšo doktorsko disertacijo za študijsko leto 2016/2017 s področja humanistike.